由于土球问题而不是苗木本身原因导致验收不合格的苗木。土球没有很大裂缝，有散掉的话，这种苗木在经过再次栽培之后一般可以成活。如果是土球损伤大，但是根系裸露少的，可对苗木实施大强度的修剪并且使用生根粉，以促进它们的生根，在用盘塘法栽植，一般都可以成活。
苗木主干伤损脱皮。在苗木运输起吊过程中，苗木主干难免会有一些擦伤破皮，这种情况下在伤口涂抹愈合剂即可。对于贵重树木如雪松等，就可以采用补皮的方法，即将损伤的树皮轻刮露出新茬组织，把脱落的树皮轻刮一下露出新的组织和脱皮处贴合到一起，再利用粘性强的黄土将其贴合在一起，树皮外面用透气的薄膜裹住必要时用草绳裹紧，一般一个月后即可痊愈，如原有树皮无法利用，同株树皮也能使用。
五针松、油松、赤松等贵重苗木在进场时常因装运过程主枝伤损或偏冠导致验收不合格，作废品处理。但后期通过修剪、整形后栽植，可以当成造型树甚至是盆景来使用创造出更大的价值。
落叶乔木中分支点过低的苗木。可以取不同的高度定干，作为砧木，嫁接其他同科属品种，如卫矛球、香花槐、金叶复叶槭等，嫁接成功两年后，即可陆续出圃，成为受市场欢迎的观赏苗木。分支点较低的植物还能通过修剪整形等方法培育成造型植物，或者可以几株几株重新种在一起培育成丛生苗。
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